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分子動力學-同源建模

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分子動力學-同源建模

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如有各類設備采購需求，請聯(lián)系專屬顧問。
項目介紹

目前的獲得蛋白結(jié)構(gòu)的方式主要有三種：X-ray，NMR和電鏡。如果實驗室沒有此條件，計算機模擬手段可以解決未知蛋白的三維空間結(jié)構(gòu)，為您的課題提供助力；也可以通過同源建模或者從頭建模方式計算獲得空間三維結(jié)構(gòu)，便于后期藥學、分子生物學等課題的開展。同源建模Homology modeling是利用已知的蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)為參照，分析氨基酸序列相近的新蛋白的三級結(jié)構(gòu)的技術(shù)。給定氨基酸序列，通過Modeller等建模軟件獲取蛋白質(zhì)建模三維結(jié)構(gòu)，并通過分子動力學分析獲取初步的可靠蛋白結(jié)構(gòu)。若同源相似性較低的蛋白，可以通過從頭建模Rosetta軟件進行預測蛋白三維結(jié)構(gòu)。

樣品要求

1.       科研計算服務是一個探索的過程，其中存在不確定性。所有模擬計算只保證計算方法正確，至于結(jié)果是否完全符合客戶預期無法保證。

（例如，DFT所用泛函本身采用了很多近似；另外當前的模擬方法也存在很多近似（例如OER過程的吉布斯自由能計算中會忽略掉催化劑的表面電荷富集效應與溶劑效應等），這 都有可能導致計算結(jié)果和實驗結(jié)果出現(xiàn)分歧（即某一問題可能是多種因素共同作用的結(jié)果，單純考慮其中某一作用不足以反應要研究的問題本質(zhì)，目前也尚未有任何計算方法可以完全實現(xiàn)模擬仿真條件與真實實驗條件的完全一致，因此研究問題的哪個方面需要由客戶最終決定），因此，我們在計算過程中會盡可能減少可以避免的誤差，但是有些誤差受限于理論本身，不可避免，我們對此引發(fā)的后果不承擔任何責任。此外，分子力學或者分子動力學等基于分子力場的模擬計算重現(xiàn)性可能不如第一性原理計算，因此不保證兩次獨立的相同體系相同任務的模擬可以得到完全定量一致的結(jié)果，對此引發(fā)的分歧，我們不承擔任何責任）。

2.       請?zhí)峁╆P(guān)于結(jié)構(gòu)或者實驗條件盡可能詳細的信息。

比如材料中是否有缺陷，空位，是異質(zhì)結(jié)，還是負載團簇模型等。如果不提供影響計算的關(guān)鍵信息，計算老師按著自己的理解去計算，由此導致的結(jié)果和費用，請客戶自行承擔。

3.       原始數(shù)據(jù)保存6個月。

由于超算平臺的數(shù)據(jù)吞吐量較大，因此原始數(shù)據(jù)我們無償為客戶保存6個月，超過6個月的原始數(shù)據(jù)將會被刪除，請客戶知曉。且在6個月內(nèi)只提供原始數(shù)據(jù)，不再接受其他相關(guān)請求。

4.       嚴格按照計算方案約定計算

除本方案約定內(nèi)容之外，客戶如有其他特殊需求，請?zhí)崆案嬷Ｈ绻枰a充計算可以補充下單。本著學術(shù)嚴謹?shù)膽B(tài)度，我們無法接受“人為調(diào)一下結(jié)果”，“調(diào)下參數(shù)使之更靠近我的預期”此類要求，所有計算結(jié)果尊重原始結(jié)果數(shù)據(jù)，敬請客戶不要提出這種要求。如果客戶下單后，又提出此類要求，我們有權(quán)利退單，由此造成的機時浪費及經(jīng)濟損失由客戶承擔。

5.       客戶如對計算結(jié)果有異議，可以申請復核。

復核僅僅檢查“計算方法是否存在錯誤”，“計算參數(shù)是否不合理”，“數(shù)據(jù)導入過程是否存在失誤”等問題，如果上述檢查均沒有問題，則認定計算結(jié)果不存在理論上的錯誤，這種情況下，不接受任何無償性質(zhì)的計算測試以及重新計算要求，請客戶知曉！

項目案例
常見問題
1、Q1、如果計算結(jié)果與預期不符合怎么辦？

1.科研計算服務是一個探索的過程，其中存在不確定性。服務方對理論計算得到的數(shù)據(jù)負責， 但不保證理論數(shù)據(jù)能夠與預期結(jié)果完全一致。如果需要可以對模型進行適當調(diào)整，調(diào)整過程中若增加計算或者大規(guī)模的重新計算，需增加計算費用，價格另行協(xié)商。

2.模擬計算存在不確定性，我們對計算過程的正確性負責。計算開始之后會消耗軟件，機時以及人力成本，所以不支持退款，敬請諒解


2、Q2、模擬計算項目服務范圍？

1.計算完成之后提供所需的計算方法，計算結(jié)果數(shù)據(jù)和圖文，以及關(guān)于計算結(jié)果中疑問的解答；

2.文章回復意見中模擬計算問題進行適當?shù)慕獯穑舴蹈搴笮枰黾佑嬎悖枇硇惺召M。


3、Q3、關(guān)于模擬計算下單流程是怎么樣的呢？

1.如果是確定計算需求，可以直接在測試狗官網(wǎng)選擇相應的項目進行下單，提交訂單時需填寫具體的計算內(nèi)容，預期結(jié)構(gòu)，分子結(jié)構(gòu)及相關(guān)的參考文獻。如果網(wǎng)站上沒有對應的項目請選擇【私人定制】并在需求中寫明具體計算內(nèi)容；

2.如果不能確定計算內(nèi)容，可以直接聯(lián)系工作人員進行需求溝通。

分子動力學-同源建模

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